miércoles, 31 de agosto de 2011

J. C. Venter versus J. Verne: biodiversidad y diez mil leguas de viaje submarino.

J. Craig Venter, biólogo y hombre de negocios, fue el presidente fundador de Celera Genomics y se hizo famoso al desarrollar su propio Proyecto Genoma Humano al margen del consorcio público. Hace años creó el J. Craig Venter Institute, en el que, entre otros proyectos, está la Global Ocean Sampling Expedition.

Los microorganismos que conocemos sabemos que existen porque somos capaces de cultivarlos en el laboratorio y “verlos”. Sin embargo, estos microorganismos cultivables representan en realidad una pequeña fracción, una minoría, de los que realmente existen en la naturaleza. No tenemos ni idea de la inmensa mayoría de virus y bacterias que hay ahí fuera, sencillamente porque no sabemos cómo cultivarlos.

El objetivo de la Global Ocean Sampling Expedition es descubrir los secretos de los océanos, tomando muestras, y secuenciando y analizando el ADN de los microorganismos que viven en ellos.

  Ya ha habido dos expediciones científicas desde el 2003, que han dado la vuelta al mundo.

Ahora, investigadores del J. Craig Venter Institute han publicado en PLoS ONE un análisis metagenómico de las muestras obtenidas en esas expediciones oceánicas. Estos análisis consisten en la secuenciación de todos los genomas de todos los organismos presentes en la muestra y genera millones de datos que luego hay que saber analizar e interpretar!. Los análisis demuestran la existencia de nuevas secuencias de virus desconocidos y de otros organismos hasta ahora no caracterizados. Es un ejemplo de que cuando hablamos de biodiversidad, a lo que principalmente nos referimos es al mundo microbiano.

De momento se acepta que todos los seres vivos conocidos se incluyen en tres grandes grupos o dominios: Bacterias, Arqueas y Eucariotas. Aunque realmente estos investigadores lo que andaban buscando es la confirmación de que existe un cuarto dominio en el árbol de la vida, su contribución más importante es la metodología de análisis que han desarrollado, que sin duda servirá para seguir explorando ese inmenso universo microbiano todavía desconocido.

Stalking the fourth domain in metagenomic data: searching for, discovering, and interpreting novel, deep branches in marker gene phylogenetic trees. Wu D, et al. PLoS One. 2011 Mar 18;6(3):e18011.

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