martes, 21 de enero de 2020

Sigue a tiempo real la epidemia de coronavirus


Seguir una epidemia a tiempo real

El nuevo coronavirus de Wuhan 2019-nCov, ¿qué sabemos hasta ahora?


Charla del 6/02/2020 organizada por la Cátedra de Cultura Científica de la UPV/EHU y grabada gracias a Kosmos eitb.


El primer caso de SIDA se diagnóstico en 1981, pero se tardaron dos años en aislar e identificar el virus VIH, y además con una desagradable pugna y polémica entre los dos grupos de investigación implicados, franceses y americanos. Hoy en día, gracias a la colaboración internacional y a las redes sociales, podemos seguir el curso de una epidemia a tiempo real: la epidemia del nuevo coronavirus chino 2019-nCov.

Obviamente el exceso de información alarma a la población, pero es la única manera de controlar este tipo de epidemias. 

(Cada cierto tiempo iré poniendo aquí las últimas noticias sobre el tema. Sigue en redes #coronavirus, #Wuhan, #Wuhanvirus, #Wuhanpneumonia, #2019nCov)

Excelente video donde se explica 
qué es el coronavirus 2019-nCoV



Principios de diciembre de 2019 – Se detectan varios casos de una neumonía atípica de origen desconocido en la ciudad de Wuhan, en el centro de China. La mayoría de esas infecciones están relacionadas con un mercado de pescados y mariscos, en el que se comercializaban animales vivos. 

1 de enero – Se cierra el mercado de Wuhan.

9 de enero – Las autoridades Chinas confirman la presencia de un virus en 15 de los 59 casos de neumonía, se descarta que se trate de un virus de la gripe y se apunta hacia un nuevo tipo coronavirus diferente al SARS y MERS. No hay ningún caso mortal, y no parece que existe transmisión entre personas.

10 de enero – Se hace público el genoma del virus causante de la neumonía del brote de Wuhan.

11 de enero - Los primeros análisis filogenéticos lo relacionan con el grupo 2B de los coronavirus, dentro de la misma familia que el SARS. Se le denomina 2019-nCoV.


 Análisis filogenético del nuevo coronavirus (Fuente: EcoHealth Alliance)

12 de enero – Se notifica el primer fallecimiento: un hombre de 61 años con una enfermedad hepática crónica y que frecuentaba el mercado de Wuhan donde parece que se originó el brote. El número total de casos confirmados se reduce a 41. Hasta el momento actual, sigue sin haber evidencia de transmisión entre humanos. Los esfuerzos se centran en identificar la especie animal que transmite el virus y determinar si el contacto con esos animales supone un riesgo de epidemia en otras áreas del país.

13 de enero - Ya está disponible el protocolo para detectar el virus 2019n-CoV mediante RT-PCR.

17 de enero – Se deposita la secuencia del 2019-nCoV en GeneBank

Un informe del MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis (Imperial College London) estima, de forma teórica, que el número total de casos infectados en la ciudad de Wuhan puede ser de 1.723.

19 de enero – China confirma un total de 201 casos, con tres fallecimientos.

20 de enero - Se confirman casos en cuatro países: China (198 casos, incluido tres fallecimientos, 2 casos en Pekín y 1 en Guandong), Japón (1 caso),  Tailandia (2 casos), and República de Corea (1 caso). Todos los casos han sido importados de Wuhan (China). La transmisión entre personas, aunque limitada, se confirma. 

El Director General de la OMS convoca una reunión del Comité de Emergencias para el miércoles 22.

21 de enero – El nuevo coronavirus se clasifica como enfermedad contagiosa de categoría B, sujeta a cuarentena en las fronteras. China aplica medidas de prevención y control máximo. Australia, Estados Unidos y Tailandia han comenzado realizar controles a los pasajeros que llegan de China.

21:00 pm (CET) - El CDC confirma el primer caso en EE.UU. en un pasajero que volvía de Wuhan (China). El número de muertos se eleva a cuatro. 

La empresa alemana Genekam ya ha desarrollado un kit comercial para detectar específicamente el nuevo coronavirus 2019-nCoV por RT-PCR.

22 de enero – Hoy Reunión del Comité de Emergencias de la OMS.

7:00 am (CET) - Se eleva el número de casos a 440 y 9 muertos. Un caso en Taiwan (importando desde Wuhan). Se confirman 15 casos en personal sanitario, lo que confirma también el contagio entre humanos. Se sospecha la existencia de "superpropagadores", infectados que propagan el virus a gran número de personas. 

17:00 (CET)- Se eleva el número de casos 509 y 17 fallecidos. 

20:00 (CET) - Sugieren posible reservorio animal del virus: de serpientes a humanos.

21:00 (CET) - El Comité de Emergencias de la OMS pospone su decisión a mañana día 23 a la espera de tener más datos. 

23 de enero - La ciudad de Wuhan en cuarentena, cierra sus aeropuertos, trenes, autobuses y metro. 

14:00 (CET) - Las autoridades chinas amplían la cuarentena a otras cuatro ciudades cercanas. Se eleva el número de casos 634 y 18 fallecidos. 

18:00 (CET) - Investigadores dudan de que las serpientes puedan ser el origen del coronavirus. Su origen no está claro. 

20:00 (CET) - La OMS decide, de momento, no declarar emergencia mundial, aunque reconoce que la situación es muy grave en China. Hasta el momento no hay transmisión del virus de persona a persona fuera de China. 

Pekín y otras grandes ciudades han anunciado que cancelarán los festejos de Año Nuevo.

Los análisis preliminares del genoma del #coronavirus #2019nCoV muestran poca variabilidad, lo que sugiere un origen reciente.

24 de enero - Total de confirmados 845, fallecidos 25: 830 en China, 4 en Tailandia, 2 en Hong Kong, Macao, República de Corea, y 1 en Taiwan, Japón, Nepal, Singapur y EE.UU. La mayoría de los casos no son severos. La mayoría de los fallecidos son mayores de 65 años con problemas de salud anteriores.

Primera publicación con datos clínicos sobre el #coronavirus #2019-nCoV en The Lancet.

Se sugiere que el origen del virus son los murciélagos.

El Ministerio de Sanidad (Gobierno de España) publica el procedimiento de actuación frente al coronavirus 2019-nCoV. 

25 de enero – Celebración del Nuevo Año Chino, durante una semana de vacaciones se espera que cientos de millones de personas de desplacen por todo el planeta.

Numero de casos 1303, fallecimientos 41, la mayoría mayores de 60 años. Son ya 13 ciudades chinas en cuarentena. Se confirman casos en 13 países, todos relacionados con Wuhan. De momento, no se han detectado casos de transmisión entre personas fuera de China.

El Instituto de Microbiología de la Academia de Ciencias China publica la primera foto del coronavirus 2019-nCoV:



26 de enero - El número de casos en China se eleva a 1.409, y 42 fallecimientos. Primeros casos en Australia y Malasia, relacionados con China. 

Informe sobre transmisibilidad del coronavirus del Imperial College London: se estima un número de reproducción (Ro) de 2,6 (rango 1,5-3,5); el patrón de transmisión puede ser variable, con algunas personas con facilidad para infectar a otras y otras que no transmiten la enfermedad. Sin vacunas ni antivirales específicos, la única forma de controlar la extensión es el diagnóstico y aislamiento.

19:00 (CET) - Más de 2.000 casos, 56 fallecimientos. Unos 30 casos en 12 países, todos relacionados con China. China anuncia que ya está trabajando en una vacuna específica. Algunos países han planteado la evacuación de sus ciudadanos de Wuhan. 

27 de enero - El número de casos sigue aumentando: 2.762 casos confirmados, 5.794 en sospecha, 51 altas, 80 decesos. Se confirma que el virus es contagioso antes de presentar síntomas. 


Puedes seguir a tiempo real el número de casos en esta página web


28 de enero - El número de casos sigue aumentando: 4.473 casos (98% en China), 107 fallecimientos (2,4%), 63 recuperados. Los datos sugieren una alta transmisibilidad pero baja mortalidad.

- Se confirman dos casos fuera de China (Japón y Alemania) de transmisión persona a persona, no habían estado en China pero ambos habían tenido contacto con personas que si habían estado en China.

- Comentarios sobre lo último del coronavirus en la revista Nature.

- Un primer estudio preliminar con 24 genomas del coronavirus sitúa el inicio de la epidemia el 17 de diciembre de 2019



- Detectan el nuevo coronavirus en muestras del mercado de animales de Wuhan.


- Análisis del genoma del coronavirus demuestran que su origen no es por una recombinación reciente.

29 de enero - Estos días ha habido varios cálculos y discusión sobre el número reproductivo básico Ro del nuevo #coronavirus con valores desde 1,4 hasta 5,5. Este artículo es muy bueno y aclara cómo interpretar estos datos.

- Se sugiere que el virus pueda transmitirse antes de padecer los síntomas (periodo de incubación de 14 días).

- Se detecta un posible caso de "superpropagador", una persona que infectó a 16 personas.

- Varias compañías aéreas reducen o suspenden vuelos con China.

30 de enero - Los casos registrados del nuevo coronavirus ya superan los del SARS de 2003. A partir de ahora comentaré sobre el número de casos pero no actualizaré su número, se pueden consultar directamente y a tiempo real en esta web.

Genomic epidemiology of novel coronavirus (nCoV).

- El comité de emergencia de la OMS ha decidido declarar la emergencia internacional



1) ¿Por qué ahora? 

Aunque más del 98% de los casos están ocurriendo en China, ya hay 18 países afectados, y se han dado casos de transmisión entre humanos en al menos cuatro países (Japón, Alemania, EE.UU. y Vietnam). Además, se han detectado casos de transmisión del virus durante el periodo de incubación sin síntomas. Todos los fallecidos han ocurrido en China. Otras veces que se han declarado emergencia internacional han sido con la gripe H1N1 en 2009, un brote de polio en Oriente Próximo en 2014, el ébola en África Occidental en 2014, el zika en América en 2016 y el pasado mes de julio con el ébola de nuevo en la República Democrática del Congo. Actualmente el SARS, la viruela, la poliomielitis de tipo salvaje y cualquier nuevo subtipo de gripe humana son automáticamente una emergencia internacional y, por lo tanto, no requieren ser declaradas como tales.

2) ¿Que consecuencias tiene?
Es el momento de la ciencia y de la cooperación. Permite prestar ayuda a países con menos recursos cuyos sistemas sanitarios sean más débiles. Acelerar el desarrollo de una vacuna. Compartir y consensuar datos, experiencias, pruebas y protocolos. Combatir rumores. Implementar medidas restrictivas en los viajes y el comercio solo si son necesarias y basadas en la evidencia. En definitiva, trabajar de manera conjunta. 

3) ¿Hay motivo para la alarma?
NO

31 de enero - Transmisión del coronavirus desde un paciente durante el periodo de incubación y sin síntomas en Alemania (publicado en The Lancet). Pero, ojo, el cuadro clínico y la duración de la enfermedad son leves.

23:30 (CET) - El Centro Nacional de Microbiología, del Instituto de Salud Carlos III, confirma un caso de #coronavirus detectado en España. Se trata de un turista alemán que tuvo contacto con una persona infectada en su país y ahora estaba en la isla de La Gomera de vacaciones. Se encuentra bien y sin síntomas.

1 de febrero - Se sugiere una "extraña" relación entre la glicoproteína de la envoltura del coronavirus 2019-nCoV y el VIH, que rápidamente es rebatida en varios medios: no, no hay relación entre el coronavirus y el VIH.

2 de febrero - Primer fallecimiento fuera de China, en Filipinas, se trata de un hombre de 44 años de Wuhan, donde se infectó, que viajó a Filipinas donde ha fallecido. Se cree que padecía otros problemas de salud previos.

- El número de recuperados supera ya al de fallecimientos (ver web).

- Fotografía microscopio electrónico del coronavirus 2019-nCoV multiplicándose dentro de células. Se observa el detalle del virus saliendo de la célula y formando esas imágenes típicas del coronavirus. Foto de John Nicholls, Leo Poon y Malik Peiris, The University of Hong Kong.



3 de febrero - Se han comenzado ensayos de terapias basadas en distintas combinaciones de antivirales:

- Lopinavir y Ritonavir, dos inhibidores de las proteasas empleados como terapia antirretroviral.
- Oseltamivir, inhibidor de la neuraminidasa empleado contra el virus de la gripe. 
- Remdesvir, un análogo de nucleótidos empleado contra varios virus RNA.

4 de febrero - Primer fallecimiento en Hong Kong, un hombre de 39 años que había visitado Wuhan, padecía dolencias crónicas.

5 de febrero - El número de recuperados prácticamente dobla al de fallecimientos (ver web), lo que sugiere que muchas personas están completando el ciclo de la enfermedad.

6 de febrero - Comienza a haber un impacto económico a nivel mundial por el coronavirus. La OMS ha pedido a los gobiernos que inviertan en investigación y 650 millones de dólares para un plan de respuesta. Preocupación por las Olimpiadas de Tokio 2020, que se inaugurarán el 24 de julio y concluirán el 9 de agosto.

7 de febrero - Científicos chinos sugieren que el pangolin puede ser el origen del coronavirus, la especie intermedia entre el murciélago y el ser humano. Las secuencias del genoma de la cepa de coronavirus aislada en pangolines resultaron en un 99% idénticas a las de origen humano. Comentario en Nature

9 de febrero - Se confirma un caso en Mallorca: se trata de un ciudadano británico que estuvo en contacto con una persona en Francia y que después viajó a Baleares donde se le detectó el virus. Se encuentra sano.

10 de febrero - El número de fallecidos por el nuevo coronavirus ya supera el de los fallecimientos por SARS.

- Últimos datos clínicos publicados con 1.099 pacientes confirmados: edad media 47 años, solo el 1,18% ha tenido contacto directo con animales salvajes o silvestres, mientras que el 31,30% ha estado en Wuhan y el 71,80% ha tenido contacto con alguien de Wuhan. Los síntomas más frecuentes son fiebre (87,9%) y tos (67,7%). Tiempo de incubación medio 3 días. El 5,00% necesitaron cuidados intensivos y el 1,36% falleció.

- Un estudio sugiere que el virus se está extendiendo más rápidamente de lo que parecía en un principio. 

- Revisión sobre cuánto tiempo puede persistir un coronavirus en superficies inertes como el metal, cristal o plástico: hasta 9 días. La buena noticia: una solución de etanol (62-71%), agua oxigenada (0,5%) o lejía (0,1%) durante un minuto es suficiente para inactivar el virus.

11 de febrero - La OMS anuncia que le han puesto nombre a la enfermedad: #COVID19 de COronaVIrus Disease 2019. Pero, ojo, el nombre oficial del virus es SARS-Cov-2. La OMS pone el nombre a la enfermedad y el ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses) pone el nombre al virus.

12 de febrero - El cambio en la forma de diagnosticar los casos, aumenta el número de confirmados. A partir de ahora se incluirán los casos diagnosticados clínicamente, como las imágenes de pulmón, en lugar de solo las pruebas de detección del RNA del virus por RT-PCR (Referencia). Esto permitirá que se reciba tratamiento lo antes posible. (No, el virus no ha mutado).


- El Mobile World Congress de Barcelona queda cancelado.

14 de febrero

- Excelente vídeo, en 15 minutos te aclara muchas de las preguntas sobre el coronavirus:




15 de febrero - Ya hay más de 80 ensayos clínicos en curso para buscar tratamientos contra el coronavirus, según Nature

17 de febrero - Un estudio demuestra que el nuevo coronavirus SARS-Cov2 NO es producto artificial de ingeniería genética. 

18 de febrero - Se publica el estudio más extenso, hasta el momento, con datos hasta el 11 de febrero, de 73.314 historias clínicas, 62% de casos confirmados: el 87% de los casos confirmados ocurre en mayores de 30 años, el 81% con síntomas leves, la tasa de letalidad del 2,3%, mayor letalidad en hombres que en mujeres, mayores de 80 años con patologías anteriores. Se han infectado 1.716 sanitarios, y han fallecido 5. Desde 23-26 de enero la curva epidemiológica comienza a declinar. 




19 de febrero - Remdesivir (análogo de adenosina) y Cloroquina (antimalárico), efectivos contra el nuevo coronavirus, in vitro.

- Evidencia de infección por coronavirus en personas sin síntomas evacuadas de Wuhan.

La comunidad científica apoya el trabajo de los científicos chinos en contener el #cononavirus #COVID19 #SARSCoV2 y la evidencia del origen natural del virus, condenando los rumores sobre conspiraciones sin fundamento.

21 de febrero - Buenas y malas noticias:

- Irán confirma 18 casos y 4 fallecimientos. Primer caso en Beirut (Líbano). Se confirman 16 casos en Italia, 250 personas en cuarentena y piden a 10 municipios que no salgan de sus casas. Corea del Sur, eleva su cifra de afectados a 200 casos. En Ucrania, un grupo de vecinos apedrea a los evacuados de Wuhan. 

- Datos desde China, (gentileza de @Alf_ArGzz), el total de casos hospitalizados (en tratamiento + en sospecha) sigue una tendencia descendente desde el 14 de febrero:


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- Más datos desde China, el resultado de la cuarentena más grande en la historia de la humanidad. El comparativo de casos en la provincia de Hubei (rojo) vs los casos en el resto del país (azul):


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- Más datos sobre el origen del coronavirus: ni proviene del pangolín ni se ha escapado de un laboratorio. 

A PARTIR DE AHORA IRÉ HACIENDO UPDATES 
EN NUEVAS ENTRADAS DEL BLOG.


Más información sobre 2019-nCoV:

La historia se repite: ¿un nuevo coronavirus en China? (en Investigación y Ciencia, )
Coronavirus de Wuhan: ¿Qué significa el número Ro que a todo el mundo asusta? (en VozPopuli, 29/01/2020)
Lecturas víricas: cinco libros para entender una pandemia (en Babelia, El País, (30/01/2020)
- Sobre el lío con las mascarillas: ¿Seguro que necesitas una máscara contra el coronavirus? (En La Razón, 4/02/2020)
- Sobre cuánto tiempo dura un virus en una superficie inerte: artículo del BMC Infectious Diseases


- El nuevo coronavirus chino (podcast El Método, con Luis Quevedo, 21/01/2020)
- Entrevista en La Linterna COPE con Ángel Expósito (22/01/2020)
- Entrevista en Boulevard Radio Euskadi EITB (24/01/2020)
- Analizando el coronavirus, en la cadena SER Navarra con Ramón Huarte (25/01/2020)
- "La solución: la estrategia "One Health", ciencia y cooperación en salud humana, salud veterinaria y salud ambiental" Entrevista en La Linterna COPE con Ángel Expósito (3/02/2020)

- Los últimos artículos sobre 2019-nCoV en bioRxiv The preprint server for biology
- Los últimos artículos sobre 2019-nCoV en medRxiv The preprint server for health sciences
- CIDRAP coronavirus resource center
- Los genomas del nuevo coronavirus en Nextstrain
- Portal de Global Biodefense
Wuhan virus: a visual explainer
- Biosafety Guidelines for Novel Coronavirus (2019-nCoV)
- Página de la SEIMC sobre el nuevo coronavirus COVID19
- El número de casos en tiempo real
- CDC
- OMS
Novel Coronavirus (2019-nCoV) advice for the public (OMS)
- Ministerio de Sanidad, Consumo y Bienestar Social 
European Centre for Disease Prevention and Control

lunes, 20 de enero de 2020

Microbiota/Microbioma: un poco de sana autocrítica


Todo está relacionado con la microbiota y todo influye en ella

Hace unas semanas publiqué una entrada en el blog sobre un artículo que describía el efecto que tienen las comidas de Navidad con la familia política en la composición de la microbiota intestinal. En este trabajo concluían que, aunque son necesarios más estudios aleatorios antes de reconocer a los cuñados como un potencial factor de riesgo para la salud mental (je, je), los participantes que habían visitado a sus cuñados tenían cambios significativos en la diversidad de su microbiota fecal. En concreto, el contacto con los cuñados provocaba una disminución significativa en las especies de Ruminococcus, género bacteriano que se sabe que está asociado al estrés psicológico y a la depresión.



El artículo en cuestión se había publicado en una revista “seria”, el Human Microbiome Journal, y es digno merecedor de los próximos premios Ig Nobel. Medio en serio medio en broma, es una crítica velada a muchos de los trabajos sobre microbiota.

Soy un entusiasta de la microbiota (prueba de ello es uno de mis últimos libros “Microbiota: los microbios de tu organismo”). El estudio de los microorganismos que forman un complejo ecosistema con nuestro organismo es uno de los temas más fascinantes de la microbiología y de la medicina actual. Estoy convencido que en un futuro próximo el análisis del microbioma humano se incorporará a los protocolos de medicina personalizada de precisión. Una medicina a la carta que propondrá un tratamiento personalizado teniendo en cuenta los millones de datos no solo del genoma, del metabolismo y del sistema inmune del paciente, sino también del microbioma. Se estudiará la composición de la microbiota y su función, se identificarán los microorganismos oportunistas potencialmente patógenos, sus posibles deficiencias y cómo los microbios pueden afectar al tratamiento. Con todos esos datos, se podrá estudiar la susceptibilidad genética a padecer una enfermedad, se podrá predecir la respuesta a un tratamiento y posibles reacciones adversas, incluso recomendar un cóctel de microbios concreto, una nutrición o probióticos personalizados o un autotransplante de microbiota intestinal, por ejemplo.


Pero para ello, necesitamos conocer mejor la composición e interacciones de nuestra microbiota, descubrir los mecanismo bioquímicos y moleculares que relacionan la microbiota con la enfermedad, y desarrollar tratamientos personalizados de modulación o modificación de la microbiota. El objetivo en el futuro es desarrollar medidas preventivas, diagnosticas y terapéuticas personalizadas basadas en nuestra microbiota.

En los últimos diez años el crecimiento de las publicaciones relacionadas con este tema se han multiplicado exponencialmente: si en el año 2006 no llegaban a cien, hoy son varios miles de artículos cada año. Por supuesto, esto no quiere decir que todas esas publicaciones sean de calidad, pero es una demostración de que el estudio de la microbiota es un tema candente, de rabiosa actualidad y de gran interés para la comunidad científica. Da la impresión de que todo está relacionado con la microbiota: nutrición, metabolismo, obesidad, diabetes, reacciones alérgicas, enfermedades autoinmunes, inflamación, enfermedades cutáneas, estrés, depresión, Parkinson, Alzheimer, autismo, cáncer, … Y de que todo influye en nuestra microbiota: edad, dieta, sexo, genética, estado de salud, geografía, clima, ejercicio, compañía, medicamentos, hábitos, …

Entender cómo el complejo mundo microbiano que nos habita influye en muchas enfermedades nos puede ayudar a la prevención, diagnóstico, tratamiento en incluso curación de muchas de ellas. Pero este entusiasmo de la comunidad científica va acompañado de un cierto sensacionalismo en los medios. Los estudios sobre la microbiota han sido protagonistas de la portada de numerosas publicaciones –incluso revistas “del corazón”- programas de radio y de televisión. Dejarnos llevar por la frivolidad es muy peligroso, porque puede dar la falsa idea de que con el trasplante fecal, por ejemplo, podemos ya curar un sinfín de enfermedades y dolencias. Además, el exceso de entusiasmo y la exageración de los resultados es abonar el campo para que los charlatanes, homeópatas, curanderos y pseudocientíficos proliferen y hagan su negocio. Por eso es bueno un poco de sana autocrítica que nos ayude a interpretar las investigaciones sobre nuestros colonos microscópicos.


Empresas que analizan tu microbiota

Hace unos meses me consultó vía correo electrónico una madre con el caso de su hijo, un niño de 3 años y medio, con problemas de salud desde que nació. Desesperados sin saber qué más hacer para curar a su hijo, encargaron un análisis de microbiota a una empresa de Málaga que se dedica a ello. Tuvieron que enviar dos muestras de heces del niño. El análisis costaba 600 euros. Al cabo de un tiempo recibieron un detallado informe de 10 folios con el “Estudio metagenómico clínico de microbiota intestinal”. En el informe se concluía, entre otros datos, que el paciente sufría una clara disbiosis intestinal, con un número elevado de especies bacterianas, alta proporción de Bacteroidetes y baja de Firmicutes, y un bajo porcentaje de microbiota productora de butirato, inmunomoduladora y proteolítica.


Muy bien, ¿y ahora qué? ¿es suficiente un par de muestras de una persona en un momento concreto para definir la microbiota? ¿frente a qué valores de referencia se compara? ¿cuáles son los valores “normales” de microbiota de un niño de 3 años y medio? ¿son estables en el tiempo esos datos de microbiota intestinal? ¿cómo corregimos esa disbiosis intestinal? ¿con probióticos, cuyo prospecto dice “producto que no tienen intención de diagnosticar, tratar, curar o prevenir ninguna enfermedad? ¿qué solución le damos?

Problemas concretos en los estudios sobre microbiota

Muchos de los estudios científicos en los que describen los microbios que están en nuestro cuerpo se basan en los datos que se obtienen de secuenciar todo el ADN presente en la muestra. La identificación de una especie microbiana concreta se hace por comparación de secuencias con las bases de datos. De forma arbitraria se suele asignar a una misma especie si las secuencias se parecen en un 97 %. Pero esta asignación es meramente arbitraria. De hecho, el mismo concepto de «especie bacteriana» es un tema discutido entre los microbiólogos: dentro de una misma especie pueden existir cepas distintas con grandes diferencias genéticas y metabólicas. Estas diferencias son incluyo mucho mayores en el caso de los virus. Por eso, al analizar la diversidad en una comunidad microbiana tan compleja como nuestro propio cuerpo se suele emplear el término de unidad taxonómica operacional —OTU, del inglés operational taxonomic unit—. Aunque esto permite analizar una comunidad compuesta por microorganismos incluso no cultivables, dificulta la comparación de estudios distintos.

Los genomas están plagados de genes o proteínas hipotéticas para las que no hay datos, no hay anotaciones en las bases de datos y no se sabe su función. En algunos genomas microbianos, hasta el 30 % de sus genes son hipotéticos, no sabemos nada de ellos: es como la materia oscura del mundo microbiano. Nos podemos estar perdiendo casi un tercio de la película completa, por eso la interpretación de los resultados a veces es muy complicada. Sobre todo en los análisis funcionales del microbioma, en los que estudiamos los genes y sus productos para inducir la función concreta de esa comunidad microbiana. La inmensa diversidad y el potencial bioquímico de la microbiota todavía espera ser descubierto.

Los análisis bioinformáticos y computacionales, que requieren desarrollar complejos modelos matemáticos y estadísticos y nuevos algoritmos para integrar e interpretar la multitud de datos que se generan, siguen siendo un cuello de botella en este tipo de estudios.

Otro problema importante es el de la contaminación ambiental. Se ha demostrado que incluso los reactivos y los kits comerciales que se emplean en técnicas de biología molecular pueden estar contaminados con ADN microbiano, muy difícil de evitar, lo que algunos han denominado con cierto cachondeo el «kitome», el conjunto de ADN microbiano contaminante de los reactivos de un kit comercial. Esto puede generar resultados erróneos cuando trabajamos con muestras en las que la cantidad de ADN sea muy pequeña, por ejemplo. En las publicaciones científicas habría que exigir la explicación de qué controles se han realizado para asegurar que los resultados obtenidos no están influidos por la presencia de ese ADN contaminante.


La microbiota es el conjunto de microorganismos, no solo bacterias, también de las arqueas, los hongos, las levaduras, los virus e incluso los protistas. Y de eso todavía sabemos muy poco, y menos sobre las interacciones entre ellos. Nuestros microbios y nuestro cuerpo forman un ecosistema supercomplejo y de muchos de sus componentes sencillamente no tenemos datos todavía.

Otra crítica que podemos hacer a estos estudios es la falta de un control perfecto, lo que se suele llamar el «gold standard». Es decir, todavía no hay un consenso sobre cuál es la microbiota control ideal y su función en una persona sana normal con la que podamos comparar los resultados de los casos patológicos: ¿cuál es la microbiota “normal” de un niño de 3 años y medio?  Cuando diseñas un experimento sobre el microbioma humano debes tener en cuenta que en el control sano no solo influye si se han tomado antibióticos o no en los últimos meses, la dieta, la edad o el sexo, sino también la familia, e incluso las mascotas con las que conviva esa persona.

Tampoco existen todavía protocolos unificados que faciliten la comparación de resultados de distintos grupos de investigación: desde cómo se toman las muestras y cómo se almacenan hasta qué programa bioinformático se emplea para analizar los resultados. Algunos trabajos publicados son criticables por falta de controles o porque el tamaño de la muestra es pequeño y por tanto son cuestionables desde el punto de vista estadístico.

A nuestras bacterias les influyen una multitud de factores: el estrés que sufrimos, nuestro sexo, nuestra genética, nuestra edad, con quién vivimos, lo que comemos, el ambiente en el que nos movemos. El número de variables es enorme. Pequeñas diferencias influyen mucho. Por eso, interpretar los cambios en la microbiota es complejo: ¿son una consecuencia de la enfermedad o un resultado del estado patológico?, ¿una causa o un efecto? La eterna duda: correlación no es causalidad, que haya cambios en la microbiota que se correlacionen con una determina enfermedad no significa que sean su causa. Por eso, es imprescindible diseñar bien los experimentos, consensuar protocolos de trabajo comunes para poder comparar los resultados de distintos grupos de investigación y, sobre todo, repetir y repetir los experimentos.

A pesar de todo esto, sigo manteniendo que el estudio de la microbiota humana y su relación con la salud son un cambio de paradigma de la medicina personalizada.